기업 세제 대폭 손질… 2027년 투자·승계·자사주 전략 달라진다

이번 개편안에는 국내 공급망 안정과 미래산업 경쟁력 확보를 위한 국내생산세액공제가 새롭게 포함됐습니다.

이는 태양광·풍력, 이차전지, 반도체 핵심소재, AI로봇 부품 등 적격품목을 국내에서 생산·판매하는 경우 적용되는 제도입니다.

기존 통합투자세액공제가 사업용 자산에 대한 투자를 중심으로 설계됐다면, 국내생산세액공제는 실제 국내 생산·판매 활동을 기초로 공제액을 산정한다는 점에서 차이가 있습니다.

공제액은 생산비용과 판매가격 등을 고려한 기준 공제금액에 지역별 우대계수와 연도별 점감률을 적용해 산정합니다.

지역에 따라 1.0~1.5의 우대계수가 적용되고, 공제기간 마지막 3년에는 공제액이 2034년 75%, 2035년 50%, 2036년 25%로 단계적으로 축소됩니다.

다만 적격품목 생산에 직접 사용되는 자산은 원칙적으로 통합투자세액공제와 중복해 지원받을 수 없습니다.

2026년 12월 31일 이전 통합투자세액공제를 받은 경우에는 기존 공제액과 이자상당액을 납부하고 해당 공제를 취소한 뒤 국내생산세액공제를 선택할 수 있습니다.

연구개발과 설비투자 관련 세액공제도 지역에 따라 혜택을 달리하는 방식으로 개편됩니다.

기존의 수도권·비수도권 중심 구분에서 나아가 서울과의 거리, 인구, 경제·사회 여건 등을 반영해 지역을 세분화하고 우대계수를 차등 적용하는 방식입니다.

연구개발비 및 통합투자세액공제에 적용되는 지방우대계수는 다음과 같이 구분됩니다.

• 수도권 1.0
• 비수도권 광역시 등·수도권 우대지역 1.1
• 기타 비수도권·비수도권 광역시 등 우대지역 1.3
• 기타 비수도권 우대지역 1.5

구체적인 지역 구분은 행정안전부의 지방우대지수 등을 고려해 대통령령에서 정할 예정입니다.

지방이전·특구입주 기업에 대한 지원체계도 함께 개편됩니다.

세제혜택을 확대하는 한편 투자·고용, 지역환류, 구분경리, 최저한세 등과 연계한 요건과 사후관리를 적용하는 구조입니다.

특히 상시근로자 수는 이전 또는 입주 당시만 확인하는 것이 아니라 특례 적용 이후에도 일정 기간 유지 여부를 확인하도록 설계됐습니다.

중소·벤처기업 관련 세제지원도 손질되며, 그 중 대표적인 변화는 중소기업 졸업 이후 적용되는 점감구조입니다.

기업이 성장해 중소기업 요건을 벗어나더라도 관련 세제혜택이 바로 종료되지 않고 3년간 단계적으로 축소됩니다.

창업중소기업에 대한 감면체계도 확대·조정되고, 벤처기업 투자와 관련된 세제지원도 보완됩니다.

이에 따라 이번 기업 생산·투자 분야 개편은 크게 ① 국내 생산활동에 대한 새로운 공제 신설, ② R&D·투자 세액공제의 지역별 차등화, ③ 중소·벤처기업의 성장단계에 따른 지원체계 조정이라는 세 축으로 정리할 수 있습니다.

기업 자산과 관련해서는 법인이 보유한 주택과 비사업용 토지의 세부담 변화가 눈에 띕니다.

법인의 주택분 종합부동산세는 공정시장가액비율과 법인 단일세율이 단계적으로 인상되며, 비사업용 토지를 양도할 때 적용되는 법인세 추가과세율도 기존 10%에서 20%로 인상됩니다.

반대로 주택건설사업자가 보유한 토지에 대해서는 지원 범위가 넓어집니다.

종전에는 종합부동산세 종합합산 토지를 중심으로 적용되던 합산배제 범위가 별도합산 토지까지 확대됩니다.

다만 취득 후 5년 이내 사업계획승인 등 일정 요건을 충족하는 경우만을 대상으로 합니다.

가업상속공제는 공제한도를 확대하면서 적용대상과 요건을 함께 조정하는 방향으로 개편됩니다.

개정안에 따르면 피상속인의 경영기간에 따라 공제한도가 최대 1,000억 원까지 확대됩니다.

동시에 가업의 범위를 전문기술이나 경영상 노하우를 보유한 기업으로 한정하고, 대상 업종도 세세분류 기준으로 재편합니다.

피상속인의 경영·지분보유기간과 상속인의 가업종사기간도 늘어납니다. 공제 이후 적용되는 사후관리기간 역시 연장되고, 공제대상 토지의 범위는 축소됩니다.

즉, 공제 규모는 커지는 반면 가업으로 인정받기 위한 기준과 승계 전후의 관리요건은 강화되는 구조입니다.

이번 개편안에서는 가족에게 기업을 물려주는 방식 외에 제3자 사업승계에 대한 세제지원이 새롭게 도입됩니다.

대상은 가업상속공제 대상 업종을 주된 사업으로 하는 중소기업 또는 최근 3년 평균 매출액이 5,000억 원 미만인 중견기업입니다.

매도자는 60세 이상이면서 해당 기업을 20년 이상 계속 경영한 최대주주 또는 최대출자자여야 하며 매수자도 일정한 요건을 갖춰야 합니다.

1. 동일 업종 기업을 10년 이상 계속 경영한 개인·기업
2. 피승계기업에서 5년 이상 계속 근무한 임직원

요건을 충족하면 매도자에게는 경영연수 × 5,000만 원을 한도로 양도소득세 감면이 적용되고, 승계기업에는 연간 5억 원 한도의 소득세·법인세 감면이 적용됩니다.

세제지원 이후에는 승계기업의 지분·사업용 자산·고용 등을 5년간 유지하는 사후관리가 뒤따릅니다.

이번 개편으로 기업의 경영승계 세제는 기존의 가족 중심 가업상속에서 한발 더 나아가 가족승계와 제3자 승계를 함께 포괄하는 구조로 범위가 넓어지게 됩니다.

현재 상속세 및 증여세법은 상장주식을 평가할 때 평가기준일 전후 각 2개월간 거래소 최종 시세가액의 평균액을 기준으로 합니다.

개정안은 이 원칙을 유지하면서도 최대주주가 보유한 상장주식이 일정 요건을 충족하면 보다 장기간의 주가를 기준으로 다시 평가하는 제도를 도입합니다.

개정안에서 제시한 ‘주가 누르기’ 추정 기준은 크게 두 가지입니다.

• 최근 13개 반기 중 12개 반기의 PBR이 유가증권시장 업종별 하위 25% 또는 코스닥시장 하위 10%에 해당하는 경우
• 평가기간 말일부터 소급해 1년 동안 중복상장·교환사채 발행 등 주가에 부정적인 영향을 미칠 수 있는 행위가 있었고, 현행 평가액이 일정 기간 종가 평균액 중 가장 큰 금액보다 30% 이상 낮은 경우

즉, PBR 요건에 따라 ‘주가 누르기’로 확정되는 경우에는 현행 평가액의 최소 130% 이상으로 평가될 수 있는 구조입니다.

따라서 최대주주의 상속·증여 과정에서 적용되는 주식 평가액 자체가 달라질 수 있다는 점이 이번 개편의 핵심입니다.

개정 상법이 자기주식의 의결권·배당권·신주인수권 등을 배제하고 원칙적으로 취득일부터 1년 이내 소각하도록 하면서, 세법에서도 종전의 자본거래·자산거래로 나뉘었던 자기주식 과세체계를 원칙적으로 자본거래로 일원화합니다.

주주가 법인에 주식을 넘기는 자기주식 취득 과정에서는 거래방식에 따라 의제배당 과세가 문제될 수 있습니다.

일반적인 장내취득은 제외되지만 장외매수, 공개매수, 시간외 대량매매 및 대량·바스켓매매 등은 과세대상에 포함될 수 있습니다.

법인이 자기주식을 처분할 때의 세무처리도 달라집니다.

특히 처분일을 기준으로 개정규정이 적용되기 때문에 2026년 12월 31일까지 취득해 보유하고 있던 자기주식도 2027년 1월 1일 이후 처분하면 새로운 과세체계의 적용을 받을 수 있습니다.

이번 개편에서는 ‘언제 실행하는가’와 ‘어떤 구조를 선택하는가’가 중요합니다.

기업은 확대된 공제·감면 규모만 보기보다 적용요건과 사후관리 조건까지 함께 확인해야 합니다.

지방이전·가업승계처럼 고용·지분·자산 유지요건을 충족하지 못하면 감면세액이 추징될 수 있고, 국내생산세액공제처럼 기존 공제와 중복 적용이 제한되는 제도도 있습니다.

또한 구체적인 적용대상과 공제방법 등은 향후 시행령·시행규칙에서 확정될 부분이 남아 있어 후속 입법 내용과 시행시기를 계속 확인해야 합니다.

세금은 나중에 계산하지만, 세금이 달라지는 결정은 그보다 먼저 내려집니다.

공장 신설과 이전, 부동산 처분, 사업승계, 자기주식 거래처럼 기업의 주요 의사결정은 계약·지배구조와 세금이 함께 얽혀 있습니다.

세제혜택만 따로 검토하거나 거래를 마친 뒤 세무 문제를 확인하면 이미 선택할 수 있는 구조가 제한될 수 있습니다.

이에 대한민국 9위 로펌 법무법인 대륜(2025년 국세청 부가가치세 신고 기준)은 기업일반그룹과 국제조세관세그룹의 협업을 통해 기업의 경영계획 단계부터 법률관계와 세무효과를 함께 검토합니다.

• 기업별 세제 영향 진단 : 개정 전·후 세법을 기준으로 기업의 기존 투자·자산·지분구조에 미치는 세무 영향 분석

• 법률·세무 쟁점 통합 검토 : 기업일반그룹의 회사법 검토와 국제조세관세그룹의 조세 검토를 결합한 거래별 쟁점 분석

• 거래구조별 세부담 비교 : 동일한 경영목적을 달성할 수 있는 복수의 거래구조에 대한 법적 가능 여부와 예상 과세관계 비교

• 계약·의사결정 절차 점검 : 이사회·주주총회 결의, 계약서, 지분 이전 등 거래 실행에 필요한 회사법상 절차 및 관련 문서 검토

• 세제특례 적용요건 검증 : 기업이 검토 중인 공제·감면의 적용요건, 중복지원 제한, 사후관리 조건에 대한 사전 검증

• 사후관리·추징 위험 분석 : 투자·승계 이후 지분변동, 고용조정, 자산처분, 조직개편 등에 따른 특례 배제 및 추징 가능성 분석

• 과세관청 대응 지원 : 세무조사·과세처분 등 분쟁 발생 시 거래자료와 법률관계를 토대로 한 소명자료 구성 및 불복절차 대응

기업일반그룹은 투자·M&A·사업승계·자기주식 및 지배구조 등 회사법상 쟁점을, 국제조세관세그룹은 세액공제·기업자산·지분 및 자본거래에서 발생하는 조세 쟁점을 담당합니다.

두 그룹이 하나의 거래를 함께 검토해 법적으로 가능한 구조인지와 그 구조에서 어떤 세금이 발생하는지를 연결해 살핍니다.

“세법이 확정된 뒤 세무 검토를 받아도 되지 않을까?”라는 생각이 들 수 있습니다.

그러나 투자계약을 체결하거나 자산을 처분하고 지분 이전까지 마친 뒤에는 거래구조 자체를 다시 설계하기 어려울 수 있습니다.

세금 때문에 경영 결정을 바꾸기보다, 경영 결정을 내릴 때 세금까지 계산하는 편이 낫습니다.

2027년을 앞두고 투자·자산 처분·사업승계·지배구조 개편을 계획하고 있다면 🔗기업변호사 법률상담예약을 통해 쟁점을 함께 검토해 보시기 바랍니다.